Ten model BMW zadebiutował na rynku w marcu 1995 roku, stając się następcą ośmioletniego poprzednika. Ten nowy model otrzymał oznaczenie fabryczne E39.
Produkcja tego modelu rozpoczęła się latem 1995 roku, a wiosną 1997 roku wprowadzono do produkcji wersję kombi tego modelu, co skutkowało zakończeniem produkcji poprzedniej generacji serii 5, czyli E34. We wrześniu 1998 roku przeprowadzono modernizację silnika M52, zastępując powłokę tulei cylindrów nikasilowych, stalowymi tulejami (M52TU) oraz dokonano aktualizacji elektroniki. We wrześniu 2000 roku przeprowadzono niewielką modernizację modelu, mającą na celu odświeżenie wyglądu auta. Zmiany objęły reflektory przednie (zastosowano soczewkowe światła mijania i pozycyjne światła typu „Angel Eyes”), lampy tylne, listwy boczne, przednie halogeny (zmieniono z okrągłych na owalne) oraz drobne modyfikacje kształtu przedniego zderzaka. Wprowadzono także nową generację benzynowych silników rzędowych szóstek serii M54 (B22, B25, B30), jednocześnie rezygnując z serii M52.
Model E39 dostępny był w dwóch wersjach nadwozia: sedan z bagażnikiem o pojemności 460 litrów i półką na narzędzia umieszczoną w klapie bagażnika, oraz wersja kombi (Touring) oferująca 410 litrów pojemności bagażnika (1525 litrów przy złożonej tylnej kanapie). Bagażnik wersji Touring może nie był zbyt obszerny, ale cechował się regularnym kształtem przestrzeni bagażowej, często oferując osobno otwieraną tylną szybę oraz wysuwaną podłogę. W 2003 roku, wraz z zakończeniem produkcji E39, pojawił się jego następca, model E60.